Institucionalmente, a Apf tem vindo a desenvolver uma importante atividade de representação dos seus associados, e de alguma maneira da comunidade filosófica, junto da tutela. Para além da emissão regular de pareceres sobre legislação relativa à educação em geral, e à profissão docente em particular, a colaboração com a Direção-Geral da Educação tem sido regular no âmbito da elaboração dos programas das várias disciplinas do nível secundário de educação que são lecionadas pelos professores de filosofia, e, desde 2016, da elaboração e revisão das aprendizagens essenciais dessas mesmas disciplinas.
A Apf integra os Conselhos Científico e Geral do IAVE, IP.
Ao longo da sua história, a Apf tem estabelecido parcerias, algumas sob a forma de protocolos, com múltiplas entidades, tais como o Sindicato dos Professores da Região Centro, a Fundação para a Ciência e Tecnologia, a Alliance Française, a Embaixada de Espanha, o Centro de Formação do Calhabé, o Centro de Formação Beira Mar, a Liga dos Amigos de Conímbriga, o Instituto de Estudos Filosóficos da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, o Departamento de Comunicação da Faculdade de Letras da Universidade Nova de Lisboa e o Centro de Filosofia da Universidade de Lisboa, o jornal PÚBLICO e a Faculdade de Letras da Universidade do Porto.
A Apf tem ainda um sócio honorário, a Fundação Eng.º António de Almeida.