Institucionalmente, a Apf tem vindo a desenvolver uma importante atividade de representação dos associados e de alguma maneira da comunidade filosófica junto da tutela, na discussão de programas, de provas de exame, desenho curricular e outras iniciativas para que tem vindo a ser convidada a emitir pareceres ou simplesmente participar nas discussões temáticas. Neste sentido, a Apf faz parte do Conselho Científico do IAVE, mantendo assim a sua longa colaboração institucional com o Ministério da Educação. Ainda no que concerne à sua relação institucional, a Apf celebrou protocolos de colaboração com o Centro de Formação do Calhabé, Liga dos Amigos de Conímbriga e Instituto de Estudos Filosóficos da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra. Ao longo de todos estes anos de atividade permanente, a Apf tem colaborado com, entre outros, o Sindicato dos Professores da Região Centro, a Fundação para a Ciência e Tecnologia, o Instituto de Estudos Filosóficos da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, a Faculdade de Letras da Universidade do Porto, o Departamento de Comunicação da Faculdade de Letras da Universidade Nova de Lisboa, o Centro de Filosofia da Universidade de Lisboa, o Gabinete de Filosofia da Educação da Faculdade de Letras da Universidade do Porto, a Liga dos Amigos de Conímbriga, a Alliance Française e a Embaixada de Espanha. A Apf tem ainda um sócio honorário, a Fundação Eng.º António de Almeida.